Le module antivirus réunit un certain nombre de fonctionnalités qui empêchent les fichiers indésirables ou potentiellement dangereux de pénétrer dans le réseau. Ces fonctions fonctionnent de différentes manières, comme la vérification de la taille du fichier, de son nom, de son type ou de la présence d'un virus ou d'une signature de grayware. Ce faisant, tous les mécanismes antivirus ont accès simultanément au trafic de données, ce qui garantit que de nombreuses opérations peuvent être effectuées presque simultanément. Cela augmente considérablement la performance du moteur antivirus.

• High Peformance AntiVirus : la technologie antivirus optimisée de Fortinet utilise une combinaison de modules de signature et de détection heuristique, offrant ainsi une protection multicouche en temps réel contre de nombreuses formes d'attaques. Des performances système extrêmement élevées sont obtenues grâce à l'utilisation du processeur de contenu intégré FortiASIC (CP) et de la technologie brevetée de Fortinet, connue sous le nom de CPRL ou Content Pattern Recognition Language, qui accélère le scan des fichiers de virus et la détection heuristique/des anomalies.
• Techniques antivirus : En fonction du niveau de protection requis, différentes instances peuvent être activées pour analyser les données entrantes à la recherche de logiciels malveillants. On distingue l'analyse par pattern, l'analyse par grayware et l'analyse heuristique. Alors que les deux premières méthodes analysent les définitions de virus connues, la dernière permet de détecter des mutations de virus connus ou des signatures de virus entièrement nouvelles.
• Mises à jour en temps réel : l'efficacité d'une solution antivirus ne se mesure pas seulement à son débit ou à son taux de détection, mais aussi à la vitesse à laquelle les mises à jour des signatures arrivent. Grâce au FortiGuard Distribution Network (FDN), ces informations sont continuellement actualisées et mises à disposition en temps réel. Ce processus est automatique et ne nécessite aucune intervention de l'administrateur. En comparaison, le moteur AV de Fortinet se classe continuellement dans le top 5 des fournisseurs d'antivirus.